Las semillas de marihuana deben ser almacenadas en un lugar oscuro, y que sea fresco y seco. Las semillas pueden durar más de cinco años si se han guardado con el suficiente cuidado. Cuanto más tiempo guardemos las semillas, más tiempo tardarán en abandonar el periodo de letargo y comenzar a germinar. También se reduce el número de semillas que germinan. Una tasa del 50% de semillas viables indicará que esa tanda de semillas ha llegado a su máximo periodo de almacenaje.

Las semillas de marihuana, como la práctica totalidad de semillas de otro tipo, necesitan humedad para germinar. Las semillas tienen unas hormonas llamadas citoquininas, giberelinas y ABA, que son las responsables de una correcta germinación cuando son estimuladas por el agua. Por esta razón es muy importante mantener secas las semillas. Cualquier trazo de humedad condensada puede enviar a estas hormonas una falsa señal de que la semilla debe germinar, gastando la energía preparada para realizar este proceso, haciendo iviables las semillas para un futuro.

El nivel de humedad al almacenar semillas debe mantenerse inferior al 5%. Esto maximiza el índice de semillas que pueden germinar. Además, una temeratura baja ralentiza la actividad de la semilla, por lo que es ideal guardarlas en un lugar cuanto más frío mejor. La falta de oxígeno también preserva a las semillas de un inicio del proceso de germinación, ya que otra señal para que comiencen a germinar es la presencia de aire entre la cubierta externa y la semilla. Así que envasar las semillas al vacío y guardarlas en la nevera es una excelente idea.

Las mejores semillas para almacenar son las que tienen una gruesa cubierta externa, con motitas oscuras y que no tengan fisuras. Las que presentan una cáscara delgada, permitirán que el agua y la luz las penetre y tengan un peor índice de viabilidad, germinando menos semillas.