Una de las ventajas del cultivo hidropónico es que al ser un cultivo de interior, podemos variar la cantidad de luz que recibe la planta al día induciendo la fase de floración cuando nosotros queramos. Lo recomendado es hacerlo una vez que la planta de marihuana ha llegado al metro y medio de altura, o cuando la consideremos suficientemente alta, es el momento a partir del cual iniciar la fase de floración. La planta comenzará a desarrollar las flores.

El ciclo de luz, normalmente de 18 horas de luz al día, se cambia en este momento. Podemos elegir directamente a un ciclo de  12/12, o podemos fijarlo a un ciclo de 14/10más conservador para después ajustarlo hasta el de 12/12. Determinados cultivadores aguantan el ciclo de 14 /10 o vuelven a él más tarde, y otros fuerzan a la planta hasta uno de 8 / 16 en el cultivo hidropónico. Estas variaciones dependen de cada preferencias y la experiencia de cada cultivador y las variedades de marihuana escogidas.

La prefloración, fase anterior a la floración pero que también podemos inducir, empieza en la 4 ª semana de desarrollo. Para fijarnos en el sexo de la planta de marihuana y descartar los machos, tenemos que fijarnos en el nodo tercero o cuarta contando desde la parte baja del tallo. Si la plantar de marihuana es hembra, se puede distinguir una pequeña bolita verde en forma de lágrima invertida, junto con los dos pequeños pistilos a modo de pelito blancos. Puede que los pistilos no se desarrollen en varios días una vez haya comenzado la prefloración. Por eso es importante fijarse si en lugar de hembra, la planta de marihuana es macho, de lo que no habrá ninguna duda si lo que observamos es al formación de un racimo de bolitas muy pequeñas justo en los nudos donde nacen las ramas del tallo.

La plena floración comienza de 1 a 2 semanas después de cambiar el ciclo de luz. En cuestión de unos pocos días, la mayoría o todos los nodos en la planta de marihuana se transformarán en pistilos blancos. Más tarde estos comenzarán a transformarse en flores de marihuana, que llegarán a su plena madurez en unas 6 a 8 semanas.

Durante la fase de floración podremos observar como las flores van creciendo cada vez más convirtiéndose en cogollos, y se irán recubriendo con pequeños cristales blancos, los anhelados tricomas llenos de THC y cannabinoides. Estos comienzan como gotas claras y de color blanco. Más tarde, cuando la planta vaya alcanzando su madurez estos se irán tornando de un color ámbar, y los pistilos blancos pasarán a tener un color rojo oscuro. Este es el periodo en el que tenemos que observar atentamente a nuestras plantas a diario, ya que el momento de la cosecha está cerca. Esto es mucho más fácil en un cultivo hidropónico, o en cualquier de interior.

Para cosechar la planta, el momento justo es cuando los tricomas hayan dejado de ser blancos para pasar a ser transparentes. Y antes de que tomen un color ambarino, ya que esto indica que el momento de madurez se está pasando. Es normal que algunos cogollos estén listos, sobre todo en la parte superior de la planta, mientras que haya algunos que aún no estén maduros. Una técnica recomendable es la de cosechar en dos tiempos, recogiendo primero los cogollos maduros de la parte superior, y dejando que la planta gaste el resto de energía durante los días siguientes en madurar los cogollos restantes. Este tiempo de impás puede durar entre una y dos semanas. Con esto aseguramos que todos los cogollos estén los suficientemente maduros y obtenemos el máximo rendimiento que la planta puede dar en ese momento.